Para Azorín esta novela resume mejor que ninguna el espíritu de Baroja. Y efectivamente: sus principios filosóficos y sociales, la reacción frente a la miseria y el dolor, y los elementos autobiográficos hacen de esta obra muestra privilegiada del mundo del autor. Médico, como Baroja, el protagonista de " El árbol de la ciencia " asiste impotente a los desafueros de una sociedad mezquina y envilecida. Entre el determinismo fisiológico y la rebelión moral hay la búsqueda de un camino propio.
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